Der nach Blut dürstende Kult der Schwarzen Flamme scheint sein Unwesen zu treiben: kleine Mädchen werden vermisst und über uralte böse Mächte verfügt. Zudem begleiten wir Abe Sapien auf eine Reihe verschiedenster Abenteuer, die von seinen Anfängen bishin zu den Tagen seiner Verwicklung mit der Froschplage reichen. Die Ankunft Hellboys im Jahre 1944 wird von einer ganz anderen, gar außerirdischen Perspektive beleuchtet. Diesmal darf auch Lobster Johnson nicht fehlen, der nebst einem von Geistern bemannten Piratenschiff auf so allerhand anderes Ungemach stoßen soll.